Природжена відсутність, атрезія та стеноз тонкого кишечника належить до класу XVII Міжнародної класифікації хвороб (МКХ-10), який охоплює природжені вади розвитку, деформації та хромосомні аномалії. Зокрема, ця вада класифікується в розділі «Інші вроджені вади розвитку органів травлення».